解读下列代码参数:Rscript $sdfilter_feature_tableR -i homeliulanzhoumetagenomelsskraken2resultbracken$taxtxt -p 001 -o homeliulanzhoumetagenomelsskraken2resultbracken$tax001
这段代码是用于运行R脚本的命令,具体参数解释如下:
Rscript: 运行R脚本的命令。$sd/filter_feature_table.R: R脚本的路径和文件名。-i /home/liulanzhou/metagenome/lss/kraken2result/bracken.${tax}.txt: 输入文件的路径和文件名。${tax}是一个变量,表示在路径中的某个位置会被具体的值替换。-p 0.01: 参数p的值,这里设为0.01。-o /home/liulanzhou/metagenome/lss/kraken2result/bracken.${tax}.0.01: 输出文件的路径和文件名。${tax}是一个变量,表示在路径中的某个位置会被具体的值替换。文件名包含了参数p的值0.01。
综上,这段代码的作用是运行一个R脚本,该脚本会读取一个输入文件,对其进行某种处理,并将结果输出到指定的文件中。其中,输入文件和输出文件的路径和文件名中包含了一个变量${tax},该变量将在实际运行时被具体的值替换。参数p的值设定为0.01
原文地址: https://www.cveoy.top/t/topic/hSQZ 著作权归作者所有。请勿转载和采集!