import sysif lensysargv = 1 printpython pdb2fastapy desgin_3txt desgin_3fasta exitinput_file = opensysargv1letters = ALA A ARG R ASN N ASP D CYS C GLU E GLN Q GLY G HIS H ILE I LEU L
这段代码是一个Python脚本,用于将PDB文件中的氨基酸序列提取出来并转换为FASTA格式。它接受一个PDB文件路径作为命令行参数,并将结果打印到标准输出。
代码首先检查命令行参数的数量,如果没有提供足够的参数,则打印出正确的用法并退出。
然后,代码打开指定的输入文件,并定义了一个字典letters,将氨基酸的三字母缩写映射到单字母表示。接下来,代码根据输入文件的名称创建一个FASTA格式的标题行,并打印到标准输出。
接着,代码遍历输入文件的每一行,将其分割为一系列的令牌。如果令牌数量小于1,则继续下一次循环。如果令牌的第一个元素不是'ATOM',则继续下一次循环。如果令牌的第五个元素与上一个处理的氨基酸不同,那么将对应的单字母表示写入标准输出。然后更新上一个处理的氨基酸为当前的氨基酸。
最后,代码打印一个换行符表示FASTA序列的结束,并关闭输入文件。
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