In the second setting which arises naturally in the study of many physical biological and social systemsthe goal is to investigate the relationships among all the variables from a systems perspective

在第二个场景中，许多物理、生物和社会系统的研究中自然出现了这种情况，目标是从系统的角度研究所有变量之间的关系。在这种情况下，所有变量都是内生的。例如，在学习基因调控网络时，所有给定生物途径中的基因都是感兴趣的。同样地，当研究脑连接网络时，目标是探究大脑中所有感兴趣区域（ROI）之间的相互作用。这些应用导致了一些方法的发展，用于识别大量变量之间的格兰杰因果关系，这可以被简洁地表示为一个网络或图（Eichler，2012）（参见图2），并且是网络格兰杰因果关系研究的基础（Basu等，2015）。