corepackrotamersSingleResidueRotamerLibrary WARNING Subsampling proton chi expansion for LIG as the estimated factor of 6561 exceeds 1139 proton rotamers per base residue!加入了-ex1和-ex2选项还是原来的警告rosett

这个警告是由于Rosetta中的SingleResidueRotamerLibrary在处理特定残基的质子旋转器时，发现生成的旋转器数量超过了设定的阈值。这个警告表明生成的旋转器数量过多，可能会导致计算效率下降。

要解决这个问题，有几种可能的方法：

1. 调整阈值：可以尝试调整阈值，使其更接近生成的旋转器数量。可以通过修改SingleResidueRotamerLibrary的相关参数来实现，具体取决于你在代码中的使用方式。

2. 使用更高级的方法：可以尝试使用更高级的方法来处理质子旋转器，例如MultiStateRotamerLibrary。这个库可以处理更复杂的氨基酸旋转器，可能更适合你的需求。

3. 确认输入的残基类型：检查你的输入残基类型是否正确。有时，这个警告可能是由于错误的残基类型导致的。

请注意，具体的解决方法可能因你的具体情况而有所不同。如果以上方法都无法解决问题，建议查阅Rosetta的官方文档或向Rosetta的开发者社区寻求帮助。