详细解释下列参数:humann2_associate --input $pcl --focal-metadatum Group --focal-type categorical --last-metadatum Group --fdr 005 --output homeliulanzhoumetagenomelsshumann2resultdiffgroupsassociatetxt
参数解释如下:
--input ${pcl}:输入文件路径,该参数指定输入数据文件的路径。在这个例子中,${pcl}是一个占位符,实际上应该替换为具体的文件路径。
--focal-metadatum Group:聚焦元数据的名称,该参数指定用来进行比较的元数据列的名称。在这个例子中,选择了名为"Group"的元数据列。
--focal-type categorical:聚焦类型,该参数指定聚焦元数据的类型。在这个例子中,选择了分类类型的元数据。
--last-metadatum Group:最后的元数据名称,该参数指定用来进行比较的最后一个元数据列的名称。在这个例子中,选择了名为"Group"的元数据列。
--fdr 0.05:FDR(False Discovery Rate)阈值,该参数指定进行统计显著性测试时所使用的FDR阈值。在这个例子中,选择了0.05作为FDR阈值。
--output /home/liulanzhou/metagenome/lss/humann2result/diffgroups/associate.txt:输出文件路径,该参数指定结果输出文件的路径。在这个例子中,结果将保存在"/home/liulanzhou/metagenome/lss/humann2result/diffgroups/associate.txt"文件中
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