Rosetta Scripts 命令行参数详解：从设计协议到输出结果

本指南将详细解释以下 Rosetta Scripts 命令行中每个参数的含义，帮助你理解和使用 Rosetta 进行蛋白质设计。

/home/hdeng/software/rosetta_bin_linux_2021.16.61629_bundle/main/source/bin/rosetta_scripts.mpi.linuxgccrelease -ex1 -ex2 -linmem_ig 10 -restore_pre_talaris_2013_behavior -parser:protocol design.xml -extra_res_fa LIG.params -s 'DEBP_relaxed.pdb LIG_positioned.pdb' -nstruct 5000 -out:file:scorefile design_results.sc

参数解析:

/home/hdeng/software/rosetta_bin_linux_2021.16.61629_bundle/main/source/bin/rosetta_scripts.mpi.linuxgccrelease: Rosetta Scripts 可执行文件路径。
-ex1: 使用扩展1构象库。
-ex2: 使用扩展2构象库。
-linmem_ig 10: 使用线性内存IG模式，内存限制为10GB。
-restore_pre_talaris_2013_behavior: 恢复到Talaris 2013之前的默认行为。
-parser:protocol design.xml: 指定设计协议的XML文件。
-extra_res_fa LIG.params: 指定'LIG.params'文件作为额外的参数文件。
-s 'DEBP_relaxed.pdb LIG_positioned.pdb': 指定输入的蛋白质结构文件和配体位置文件。
-nstruct 5000: 设置生成的构象数量为5000。
-out:file:scorefile design_results.sc: 指定输出的得分文件名为'design_results.sc'。

总结:

通过理解每个参数的含义，你可以根据自己的需求修改Rosetta Scripts命令行，实现不同的蛋白质设计目标。