RDKit ConformerGenerator: 生成小分子构象库的多种方法

RDKit的ConformerGenerator可以使用多种方法生成小分子构象库，其中包括：

1. ETKDG方法：这是RDKit中默认的方法，使用基于分子力学的优化算法生成构象。可以使用以下代码生成构象库：

from rdkit.Chem import AllChem

molecule = # your molecule
conf_gen = AllChem.ConformerGenerator()
conf_gen.AddConformer(molecule)
conf_gen.Generate()
conformers = conf_gen.GetConformers()

2. MMFF94方法：这是一种基于分子力学的力场方法，可以用于生成构象。可以使用以下代码生成构象库：

from rdkit.Chem import AllChem

molecule = # your molecule
ff = AllChem.MMFFGetMoleculeForceField(molecule, AllChem.MMFFGetMoleculeProperties(molecule), confId=-1)
conf_gen = AllChem.ConformerGenerator()
conf_gen.AddConformer(molecule)
conf_gen.Generate(ff)
conformers = conf_gen.GetConformers()

3. UFF方法：这是另一种基于分子力学的力场方法，可以用于生成构象。可以使用以下代码生成构象库：

from rdkit.Chem import AllChem

molecule = # your molecule
ff = AllChem.UFFGetMoleculeForceField(molecule, confId=-1)
conf_gen = AllChem.ConformerGenerator()
conf_gen.AddConformer(molecule)
conf_gen.Generate(ff)
conformers = conf_gen.GetConformers()

这些方法都可以生成小分子构象库，具体使用哪种方法取决于您的需要和分子的特性。