Ubuntu 上安装和使用 OpenEye 工具包

使用 OpenEye 在 Ubuntu 上的步骤如下：

1. 安装 conda

在 Ubuntu 上安装 conda 可以使用以下命令：

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh

2. 创建 conda 环境

使用以下命令创建一个名为'openeye' 的 conda 环境：

conda create -n openeye python=3.8

3. 激活 conda 环境

使用以下命令激活'openeye' 环境：

conda activate openeye

4. 安装 OpenEye

使用以下命令安装 OpenEye：

conda install -c openeye openeye-toolkits

5. 验证 OpenEye 安装

使用以下命令在 Python 中验证 OpenEye 是否成功安装：

python -c 'import openeye; print(openeye.__version__)'

如果输出版本号，则说明 OpenEye 已经成功安装。

6. 使用 OpenEye

在 Python 中使用 OpenEye 可以使用以下代码：

from openeye import oechem

mol = oechem.OEGraphMol()
oechem.OESmilesToMol(mol, 'CCO')
oechem.OEAddExplicitHydrogens(mol)
oechem.OEGenerate2DCoordinates(mol)
oechem.OEWriteMolecule(ofs, mol)

以上代码创建了一个简单的分子，并将其转换为 SMILES 格式，添加了显式氢原子，生成了二维坐标，并将其写入文件。