使用RDKit生成多个构象并写入PDB文件

本文将介绍如何使用RDKit库为分子生成多个构象，并将它们写入PDB文件中。

示例代码：单个分子

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem

smi='CCCC1CCCC(C(C)C)C1'
m2=Chem.MolFromSmiles(smi)
m2

AllChem.EmbedMultipleConfs(m2, numConfs=20)

writer = Chem.PDBWriter('1.pdb')
writer.write(m2)
writer.close()

示例代码：多个分子（来自SDF文件）

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem

# 读取sdf文件
suppl = Chem.SDMolSupplier('GRA.sdf')
mols = [x for x in suppl]

# 生成多个构象
for mol in mols:
    AllChem.EmbedMultipleConfs(mol, numConfs=20)

# 写入pdb文件
writer = Chem.PDBWriter('GRA_confs.pdb')
for mol in mols:
    writer.write(mol)
writer.close()

上述代码展示了如何读取一个SDF文件，为其中的每个分子生成20个构象，并将所有构象写入一个名为'GRA_confs.pdb'的PDB文件中。

注意：

numConfs参数控制生成的构象数量。
您可以根据需要修改输出PDB文件名。

通过以上代码，您可以轻松地为分子生成多个构象并将其写入PDB文件中，以便进一步的分析和可视化。