使用RDKit生成SDF文件多个构象并写入PDB文件

您可以使用以下代码读取SDF文件，并在其中生成多个构象，并将其写入PDB文件中：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem

# 读取SDF文件
suppl = Chem.SDMolSupplier('GRA.sdf')

# 遍历分子
for mol in suppl:
    # 生成多个构象
    AllChem.EmbedMultipleConfs(mol, numConfs=20)
    
    # 写入PDB文件
    writer = Chem.PDBWriter('{}.pdb'.format(mol.GetProp('_Name')))
    writer.write(mol)
    writer.close()

这将为每个分子生成20个构象，并将它们写入以分子名称命名的PDB文件中。请注意，您需要在SDF文件中为每个分子设置名称属性（例如，使用Open Babel软件将其转换为SDF文件时）才能使上述代码正常工作。