Rosetta 蛋白质结构松弛命令解析 - relax.linuxgccrelease 参数详解

本文将解读以下 Rosetta 蛋白质设计软件的结构松弛命令：

-relax.linuxgccrelease -database /path/to/rosetta/main/database -in:file:s input.pdb -in:file:fullatom -native 1a19.pdb -out:file:silent default.out -relax:quick

该命令是在 Linux 系统下使用 Rosetta 进行结构松弛 (relax) 的命令。具体参数含义如下：

• '-relax.linuxgccrelease'：指定 Rosetta 的可执行文件路径。
• '-database /path/to/rosetta/main/database'：指定 Rosetta 数据库的路径。
• '-in:file:s input.pdb'：指定输入的结构文件，这里是 PDB 格式的。
• '-in:file:fullatom'：指定输入的结构文件是原子全原子 (full-atom) 模型。
• '-native 1a19.pdb'：指定一个参考结构文件，用于评估松弛后的结构。
• '-out:file:silent default.out'：指定输出文件名，默认输出到 default.out 文件中，格式为 Rosetta 的 Silent 文件格式。
• '-relax:quick'：指定使用快速松弛算法。

通过以上参数设置，Rosetta 将使用指定的输入结构文件进行结构松弛，并根据指定的参考结构文件评估松弛后的结构，最终将结果以 Silent 文件格式输出到指定的文件中。