COMSOL在linux多机并行教程slurm脚本
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确保所有计算节点已经配置好COMSOL软件,并且可以通过ssh互相访问。
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在主节点上编辑一个slurm脚本,用于提交COMSOL并行计算任务。如下所示:
#!/bin/bash
#SBATCH -J comsol
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH -p compute
#SBATCH -o comsol.out
#SBATCH -e comsol.err
# Load COMSOL module
module load comsol/5.6
# Set COMSOL temporary directory
export COMSOL_TMPDIR=/scratch/$USER/comsol_tmp
# Run COMSOL parallel job
mpirun -np $SLURM_NTASKS comsol batch -inputfile mymodel.mph
其中,#SBATCH开头的行是slurm调度器的参数设置,可以根据需要进行调整。module load comsol/5.6是加载COMSOL软件模块的命令,需要根据实际情况进行修改。$COMSOL_TMPDIR是COMSOL过程中的临时文件夹,需要设置在共享文件系统上,这里设置在/scratch目录下的用户私有文件夹中。mpirun -np $SLURM_NTASKS是启动并行计算任务的命令,其中$SLURM_NTASKS表示计算节点总数,即COMSOL并行计算的进程数。
- 将slurm脚本提交到slurm调度器中,等待任务执行完成。
sbatch comsol.slurm
- 查看任务执行情况和结果输出。
squeue -u $USER
使用以上命令可以查看当前用户的任务队列情况,包括任务ID、状态、节点数、进程数等信息。任务完成后,可以在comsol.out和comsol.err文件中查看任务的标准输出和标准错误信息。如果COMSOL模型设置了输出文件,也可以在指定的文件夹中查看计算结果
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