在LINUX中有3个文件X1、X2和X3都是txt文件X1的第一列是基因ID第二列是序列ID；X2的第一列是序列ID第二列氮循环基因ID；X3的第一列是氮循环基因ID现在需要根据X3中的第一列的内容与X2中第二列相符合的行内容提取出来生成Y1txt文件Y1txtx文件包含两列内容第一列为序列ID第二列为氮循环基因ID；然后根据Y1txt文件的第一列内容与X1txt中第二列相符合的行内提取出来生成Y

可以使用Linux命令行工具进行操作，具体步骤如下：

使用grep命令根据X3.txt文件的第一列内容与X2.txt文件的第二列内容相符合的行提取出来，生成Y1.txt文件，命令如下：
```
grep -Fwf X3.txt X2.txt > Y1.txt
```
解释：-F表示按照固定字符串而非正则表达式进行匹配；-w表示匹配整个单词而非部分单词；-f表示从指定文件中读取模式。
使用awk命令根据Y1.txt文件的第一列内容与X1.txt文件的第二列内容相符合的行提取出来，生成Y2.txt文件，命令如下：
```
awk 'NR==FNR{a[$2]=$1;next}{if(a[$1])print a[$1],$1,$2}' X1.txt Y1.txt > Y2.txt
```
解释：NR表示当前记录数，FNR表示当前文件的记录数，$1表示当前行的第一列，$2表示当前行的第二列；a[$2]=$1表示将X1.txt文件的第二列作为索引，将X1.txt文件的第一列作为值存入数组a中；if(a[$1])print a[$1],$1,$2表示如果Y1.txt文件的第一列在数组a中存在，则输出对应的值（即X1.txt文件的第一列）、Y1.txt文件的第一列和Y1.txt文件的第二列。

通过以上两步操作，可以得到Y2.txt文件，其中包含了所需的三列内容