Rosetta 如何识别半胱氨酸残基的 A1、A2 和 A3 原子

Rosetta 通过读取 cys.params 文件中的信息来确定 Cys 残基的 A1、A2 和 A3 原子。在 cys.params 文件中，每个 Cys 残基都有一个独特的标识符，称为 'residue_type'。这个标识符包含了 Cys 残基的化学信息，包括其原子名称、坐标和相互作用能量等。当 Rosetta 读取 PDB 文件并构建分子模型时，它会查找每个 Cys 残基的 'residue_type' 标识符，并使用其中包含的信息来确定 Cys 残基的 A1、A2 和 A3 原子。