RosettaScripts 酶设计示例脚本：EnzDes 应用

以下是一个使用 RosettaScripts 进行 EnzDes 设计的示例脚本：

<ROSETTASCRIPTS>
    <SCOREFXNS>
        <ScoreFunction name='sfxn' weights='ref2015' />
    </SCOREFXNS>

    <RESIDUE_SELECTORS>
        <ResidueSelector name='active_site' selector='residue_selector' />
    </RESIDUE_SELECTORS>

    <TASKOPERATIONS>
        <DesignAround name='design' design_shell='4.0' residue_selector='active_site' />
    </TASKOPERATIONS>

    <FILTERS>
        <EnzDes name='enzdes' scorefxn='sfxn' design='design' />
    </FILTERS>

    <MOVERS>
        <MinMover name='min' scorefxn='sfxn' />
    </MOVERS>

    <PROTOCOLS>
        <Add filter='enzdes' />
        <Add mover='min' />
    </PROTOCOLS>
</ROSETTASCRIPTS>

此脚本包括以下步骤：

1. 定义一个分数函数 sfxn。
2. 定义一个活性位点的残基选择器 active_site。
3. 定义一个 DesignAround 操作，用于在活性位点周围进行设计。
4. 定义一个 EnzDes 过滤器，用于评估酶催化活性。
5. 定义一个 MinMover 移动器，用于进行最小化。
6. 定义一个协议，包括 enzdes 过滤器和 min 移动器。

您可以使用 `rosetta_scripts.linuxgccrelease` 命令行工具来运行此脚本。例如：

rosetta_scripts.linuxgccrelease -s input.pdb -parser:protocol script.xml -out:file:scorefile score.sc

其中，`-s` 参数指定输入结构，`-parser:protocol` 参数指定脚本文件，`-out:file:scorefile` 参数指定输出评分文件。