Rosetta PDB 文件中的 REMARK 666 MATCH TEMPLATE 解释

REMARK 666 是 PDB 文件中的一种注释，用于记录实验或计算过程中的一些信息。在 Rosettta 计算结果中，REMARK 666 通常用于记录以下信息：

• 'MATCH TEMPLATE' 指的是 Rosettta 计算中使用的蛋白质结构模板，该模板用于预测目标蛋白质的结构。'X D2N' 指的是目标蛋白质的氨基酸序列中的第一个氨基酸为 X，第二个氨基酸为 D，第三个氨基酸为 N。
• '0' 表示 Rosettta 计算的初始分数。
• 'MATCH MOTIF' 指的是 Rosettta 在计算中使用的一种结构模式，用于预测目标蛋白质的结构。'A CYS 10 1 1' 表示 MATCH MOTIF 中的一种残基类型和位置，即第 10 个氨基酸为 CYS。后面的两个数字表示 MATCH MOTIF 中这个残基的两个旋转角度。

通过理解这些信息，可以更好地分析 Rosettta 计算结果，并进一步了解蛋白质结构预测过程。