Shell脚本：使用ligand_dock进行分子对接和测试

这是一个Shell脚本，用于执行分子对接操作并进行测试。脚本首先将当前工作目录切换到'%(workdir)s'，然后检查可执行文件'%(bin)s/ligand_dock.%(binext)s'是否存在。如果存在，则运行该可执行文件并传递以下参数和标志：

• ' %(additional_flags)s ': 额外的标志
• '@flags': 预定义的标志集合
• '-database %(database)s': 指定数据库
• '-testing:INTEGRATION_TEST': 进行集成测试

脚本将程序输出重定向到'log'文件，并使用'egrep -vf ../../ignore_list'过滤输出结果，排除在'ignore_list'文件中列出的字符串。最后，脚本检查第一个可执行文件（即'ligand_dock.%(binext)s'）的返回值。如果返回值不为'0'，则表示程序执行出错，脚本将退出并返回错误代码。

代码示例：

cd %(workdir)s
[ -x %(bin)s/ligand_dock.%(binext)s ] || exit 1
%(bin)s/ligand_dock.%(binext)s %(additional_flags)s @flags -database %(database)s -testing:INTEGRATION_TEST  2>&1 \
    | egrep -vf ../../ignore_list \
    > log

test "${PIPESTATUS[0]}" != '0' && exit 1 || true  # 检查第一个可执行文件是否返回错误

解释：

• cd %(workdir)s: 切换到工作目录
• [ -x %(bin)s/ligand_dock.%(binext)s ] || exit 1: 检查可执行文件是否存在，如果不存在则退出
• %(bin)s/ligand_dock.%(binext)s %(additional_flags)s @flags -database %(database)s -testing:INTEGRATION_TEST 2>&1: 运行可执行文件并传递参数，将标准错误输出重定向到标准输出
• | egrep -vf ../../ignore_list: 使用'egrep'过滤输出结果，排除在'ignore_list'文件中列出的字符串
• > log: 将输出重定向到'log'文件
• test "${PIPESTATUS[0]}" != '0' && exit 1 || true: 检查第一个可执行文件的返回值，如果返回值不为'0'则退出并返回错误代码

该脚本提供了一个简单的分子对接和测试流程，用户可以根据实际需求修改参数和标志。