Rosetta 中 molfile_to_params.py 命令详解：-k 和 -p 参数说明

Rosetta 中的 molfile_to_params.py 命令用于将分子信息转换为 Rosetta 所使用的参数文件。

• -k 表示输入文件的格式，这里是指输入文件为一个 kinemage 文件，其中包含了分子的拓扑信息和几何构象信息。

• -p 表示输出文件的前缀，这里是指输出文件的前缀为 '1t3r'，即输出的 params 文件名为 '1t3r.params'。同时，还会生成一个名为 '1t3r_charges.mol2' 的文件，其中包含了分子的电荷信息。

例如：

~/rosetta/main/source/scripts/python/public/molfile_to_params.py -n DAR -k 1t3r.kin -p 1t3r

该命令将会将名为 '1t3r.kin' 的 kinemage 文件转换为 '1t3r.params' 参数文件和 '1t3r_charges.mol2' 电荷信息文件。