Rosetta enzdes 设计算法脚本参数解读

-s '/GFPS8p/taoy/zhang_jian/zj_cns_rosetta/repeatB/complex_B.pdb'：指定输入的蛋白质-配体复合物的PDB文件路径。

-extra_res_fa '/GFPS8p/taoy/zhang_jian/zj_cns_rosetta/repeatB/LIG.params'：指定额外的残基参数文件路径，这里是配体的参数文件。

-resfile '/GFPS8p/taoy/zhang_jian/zj_cns_rosetta/repeatB/design_resfile.flags'：指定设计过程中的残基限制文件路径。

-ignore_unrecognized_res：忽略未识别的残基。

-enzdes：指定使用enzdes设计算法。

-detect_design_interface：检测设计接口。

-cut1 0.0：第一层截断半径。

-cut2 0.0：第二层截断半径。

-cut3 8.0：第三层截断半径。

-cut4 10.0：第四层截断半径。

-cst_opt：启用约束优化。

-cst_predock：启用预对接约束。

-cst_design：启用设计约束。

-cst_min：启用约束最小化。

-chi_min：启用旋转键角最小化。

-bb_min：启用骨架最小化。

-cstfile '/GFPS8p/taoy/zhang_jian/zj_cns_rosetta/repeatB/LIG.cst'：指定约束文件路径。

-final_repack_without_ligand：在没有配体的情况下进行最终的重打包。

-include_catres_in_interface_detection：在接口检测中包括催化残基。

-design_min_cycles 2：设计最小化循环的次数。

-packing：启用打包。

-linmem_ig 10：指定线性内存大小。

-use_input_sc：使用输入的侧链构象。

-soft_rep_design：使用软排斥设计。

-ex1:level 4：指定ex1氨基酸库的层级。

-ex2:level 4：指定ex2氨基酸库的层级。

-ex1aro:level 4：指定ex1aro氨基酸库的层级。

-ex2aro:level 4：指定ex2aro氨基酸库的层级。

-out:file:o enz_score.out：指定输出文件路径。

-nstruct 100：指定进行100次结构采样。

-nblist_autoupdate：自动更新邻居列表。

-unboundrot '/GFPS8p/taoy/zhang_jian/zj_cns_rosetta/repeatB/complex_B.pdb'：指定无配体状态下的蛋白质结构。

-mute core.io.database core.scoring.NeighborList：禁用数据库和邻居列表的输出。

-restore_talaris_behavior：恢复Talaris得分函数的行为。