Rosetta 打分指标详解:能量、氢键、电荷、序列恢复等
Rosetta 打分系统通过一系列指标评估蛋白质结构的质量,这些指标描述了蛋白质结构的不同方面,如能量优化、氢键形成、电荷平衡、序列恢复等。具体解释如下:
- total_score: 整体得分,综合考虑了所有指标。
- fa_rep: 范德华排斥能,评估原子间的空间阻碍。
- hbond_sc: 氢键得分,衡量氢键形成的能力。
- all_cst: 约束得分,衡量结构与实验约束的一致性。
- tot_pstat_pm: 正电荷静电能得分,衡量正电荷与周围环境的相互作用。
- tot_nlpstat_pm: 负电荷静电能得分,衡量负电荷与周围环境的相互作用。
- tot_burunsat_pm: 疏水溶剂可及性得分,衡量疏水残基的暴露程度。
- tot_hbond_pm: 氢键能得分,衡量氢键形成的能力。
- tot_NLconts_pm: 非局部相互作用得分,衡量非局部相互作用的贡献。
- tot_nlsurfaceE_pm: 非局部表面能得分,衡量非局部表面能的贡献。
- tot_total_charge: 总电荷数,衡量蛋白质的总电荷。
- tot_total_pos_charges: 总正电荷数,衡量蛋白质的总正电荷。
- tot_total_neg_charges: 总负电荷数,衡量蛋白质的总负电荷。
- tot_seq_recovery: 序列恢复得分,衡量蛋白质序列恢复的准确性。
- SR_1至SR_7: 特定区域的得分,衡量蛋白质结构在不同区域的优化情况。
- nlr_dE: 非局部相互作用能的差异。
- nlr_totrms: 非局部相互作用能的均方根差。
- nlr_SR1_rms至nlr_SR6_rms: 非局部相互作用能在不同区域的均方根差。
- description: 描述信息。
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