Rosetta 打分系统通过一系列指标评估蛋白质结构的质量,这些指标描述了蛋白质结构的不同方面,如能量优化、氢键形成、电荷平衡、序列恢复等。具体解释如下:

  • total_score: 整体得分,综合考虑了所有指标。
  • fa_rep: 范德华排斥能,评估原子间的空间阻碍。
  • hbond_sc: 氢键得分,衡量氢键形成的能力。
  • all_cst: 约束得分,衡量结构与实验约束的一致性。
  • tot_pstat_pm: 正电荷静电能得分,衡量正电荷与周围环境的相互作用。
  • tot_nlpstat_pm: 负电荷静电能得分,衡量负电荷与周围环境的相互作用。
  • tot_burunsat_pm: 疏水溶剂可及性得分,衡量疏水残基的暴露程度。
  • tot_hbond_pm: 氢键能得分,衡量氢键形成的能力。
  • tot_NLconts_pm: 非局部相互作用得分,衡量非局部相互作用的贡献。
  • tot_nlsurfaceE_pm: 非局部表面能得分,衡量非局部表面能的贡献。
  • tot_total_charge: 总电荷数,衡量蛋白质的总电荷。
  • tot_total_pos_charges: 总正电荷数,衡量蛋白质的总正电荷。
  • tot_total_neg_charges: 总负电荷数,衡量蛋白质的总负电荷。
  • tot_seq_recovery: 序列恢复得分,衡量蛋白质序列恢复的准确性。
  • SR_1至SR_7: 特定区域的得分,衡量蛋白质结构在不同区域的优化情况。
  • nlr_dE: 非局部相互作用能的差异。
  • nlr_totrms: 非局部相互作用能的均方根差。
  • nlr_SR1_rms至nlr_SR6_rms: 非局部相互作用能在不同区域的均方根差。
  • description: 描述信息。
Rosetta 打分指标详解:能量、氢键、电荷、序列恢复等

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