EnzdesFixBBProtocol: 优化蛋白质设计流程

EnzdesFixBBProtocol: 优化蛋白质设计流程

在使用EnzdesFixBBProtocol进行蛋白质设计时，可能会遇到以下警告信息：

'core.pack.rotamers.SingleResidueRotamerLibrary: [ WARNING ] Subsampling proton chi expansion for LIG, as the estimated factor of 2187 exceeds 1139 proton rotamers per base residue!'

该警告提示，由于LIG分子库中构象数量过多，导致质子旋转异构体数量超过阈值。

如何解决此警告？

1. 提高警告阈值： 警告中提到的估计因子为2187，可以尝试将警告阈值设置为更高的值，以避免显示警告信息。
2. 减少设计/最小化循环次数： 警告中提到的设计/最小化循环次数为3次，可以尝试减少循环次数，以减少警告产生的机会。
3. 使用更小的分子库： 警告中提到的LIG分子库包含了21641个构象，可以尝试使用更小的分子库，以减少警告产生的机会。
4. 更新软件版本： 警告可能是由软件版本中的bug引起的，可以尝试更新软件版本，以修复可能存在的问题。
5. 忽略警告： 如果警告不会对结果产生重大影响，可以选择忽略警告信息。但是，在忽略警告之前，应该确保警告不会导致结果的不准确性或不可靠性。

请注意，解决警告的最佳方法可能取决于具体的应用和实验条件。建议在尝试解决警告之前，先仔细阅读软件文档或咨询相关领域的专家。

其他相关信息：

• 'core.pack.rotamers.SingleLigandRotamerLibrary: Added 21641 rotamers for LIG'
• 'core.pack.pack_rotamers: built 96436 rotamers at 88 positions.'
• 'core.pack.interaction_graph.interaction_graph_factory: Instantiating LinearMemoryInteractionGraph'