Rosetta 警告: Subsampling Proton Chi Expansion for LIG 残基

Rosetta 中的 SingleResidueRotamerLibrary 在处理 LIG 残基时，发现生成的旋转器数量超过了设定的阈值，从而发出警告：'Subsampling proton chi expansion for LIG, as the estimated factor of 6561 exceeds 1139 proton rotamers per base residue!' 即使加入了 -ex1 和 -ex2 选项，警告仍然存在。

这个警告表明生成的旋转器数量过多，可能会导致计算效率下降。以下是解决这个问题的几种方法：

1. 调整阈值: 可以尝试调整阈值，使其更接近生成的旋转器数量。可以通过修改 SingleResidueRotamerLibrary 的相关参数来实现，具体取决于你在代码中的使用方式。

2. 使用更高级的方法: 可以尝试使用 MultiStateRotamerLibrary 来处理质子旋转器。这个库可以处理更复杂的氨基酸旋转器，可能更适合你的需求。

3. 确认输入的残基类型: 检查你的输入残基类型是否正确。有时，这个警告可能是由于错误的残基类型导致的。

请注意，具体的解决方法可能因你的具体情况而有所不同。如果以上方法都无法解决问题，建议查阅 Rosetta 的官方文档或向 Rosetta 的开发者社区寻求帮助。