解决Rosetta中'Subsampling proton chi expansion'警告

解决Rosetta中'Subsampling proton chi expansion'警告

如果您在Rosetta中遇到'Subsampling proton chi expansion for LIG'警告，这意味着在配体(LIG)上进行质子旋转角(proton chi)扩展时，估计的旋转角数量超过了Rosetta对每个残基所允许的最大质子旋转异构体数量。

原因:

这个警告通常是由于配体具有多个可旋转键，导致可能的质子旋转异构体数量非常大。为了避免过高的计算成本，Rosetta会对质子旋转角进行子采样。

解决方法:

您可以通过以下方法解决此问题：

1. 使用-ex1和-ex2选项控制子采样:

   • -ex1: 控制一级质子旋转角的子采样 (通常是氨基酸侧链的质子旋转角)。 - -ex2: 控制二级质子旋转角的子采样 (通常是氨基酸侧链的质子化状态)。

   例如，要对一级和二级质子旋转角都进行子采样，请使用以下命令：

   rosetta_scripts -ex1 -ex2 -s input.pdb -parser:protocol my_protocol.xml

2. 优化配体结构:

   • 尝试简化配体的结构，减少可旋转键的数量。 - 确保配体的结构是合理的，并且没有不必要的自由度。

3. 调整Rosetta参数:

   • 您可以尝试增加每个残基允许的最大质子旋转异构体数量，但这可能会增加计算时间。

建议:

• 首先尝试使用-ex1和-ex2选项进行子采样。- 如果子采样不能解决问题，或者您需要更高的精度，请考虑优化配体结构或调整Rosetta参数。

通过调整子采样的程度，您可以平衡计算效率和结果的准确性。