Rosetta Enzdes 命令行参数：蛋白质-配体复合物设计

这是一个 Rosetta Enzdes 程序的命令行参数列表，用于对给定的蛋白质-配体复合物进行设计。以下是每个参数的解释：

-s '/media/sun/yingpan/linux/enzds/enzdes/design_again/complex.pdb'：指定输入的蛋白质-配体复合物的 PDB 文件路径。

-extra_res_fa '/media/sun/yingpan/linux/enzds/enzdes/design_again/LIG.params'：指定额外的残基参数文件路径，用于描述配体的化学性质。

-resfile '/media/sun/yingpan/linux/enzds/enzdes/design_again/design_resfile.flags'：指定设计残基的文件路径，该文件描述了哪些残基需要进行设计。

-enzdes：启用 Enzdes 设计模式。

-cst_predock：在设计之前进行预定位的约束。

-cst_design：在设计过程中使用约束。

-detect_design_interface：检测设计界面。

-cut1 0.0：第一层相互作用截断距离。

-cut2 0.0：第二层相互作用截断距离。

-cut3 8.0：第三层相互作用截断距离。

-cut4 10.0：第四层相互作用截断距离。

-cst_min：在设计之前进行约束最小化。

-chi_min：在设计之前进行旋转键角最小化。

-bb_min：在设计之前进行骨架最小化。

-cst_opt：在设计过程中进行约束优化。

-cstfile '/media/sun/yingpan/linux/enzds/enzdes/design_again/LIG.cst'：指定约束文件的路径，该文件描述了配体的约束信息。

-include_catres_in_interface_detection：将催化残基包括在设计界面检测中。

-design_min_cycles 3：设计最小化循环次数。

-packing：启用装配过程。

-soft_rep_design：使用软排斥能量函数进行设计。

-extrachi_cutoff 1：在设计过程中包括可变副氨基酸。

-ex1:level 4：第一层氨基酸侧链自由度的设计级别。

-ex2:level 4：第二层氨基酸侧链自由度的设计级别。

-ex1aro:level 4：第一层芳香族氨基酸侧链自由度的设计级别。

-ex2aro:level 4：第二层芳香族氨基酸侧链自由度的设计级别。

-out:file:o enz_score.out：指定输出文件的路径和名称。

-nblist_autoupdate：自动更新邻居列表。

-unboundrot '/media/sun/yingpan/linux/enzds/enzdes/design_again/complex.pdb'：指定蛋白质在无配体状态下的 PDB 文件路径。

-mute core.io.database core.scoring.NeighborList：禁止输出某些 Rosetta 模块的信息。