Rosetta 酶设计多轮 EnzDes 操作指南

在使用 Rosetta 进行酶设计时，可以通过指定设计的迭代轮数来进行多轮的 EnzDes 操作。以下是一个示例命令行操作：

enzdes.linuxgccrelease -s '/media/sun/yingpan/linux/enzds/enzdes/design_again/complex.pdb' -extra_res_fa '/media/sun/yingpan/linux/enzds/enzdes/design_again/LIG.params' -resfile '/media/sun/yingpan/linux/enzds/enzdes/design_again/design_resfile.flags' -enzdes -detect_design_interface -cut1 0.0 -cut2 0.0 -cut3 8.0 -cut4 10.0 -cst_predock -cst_design -cst_min -cst_opt -cstfile '/media/sun/yingpan/linux/enzds/enzdes/design_again/LIG.cst' -bb_min -chi_min -final_repack_without_ligand -design_min_cycles 3 -packing -use_input_sc -soft_rep_design -extrachi_cutoff 1 -ex1:level 4 -ex2:level 4 -ex1aro:level 4 -ex2aro:level 4 -out:file:o enz_score.out -nblist_autoupdate -restore_talaris_behavior

在上述命令中，使用了 -design_min_cycles 参数来指定进行多轮的 EnzDes 设计。在这个例子中，设计了 3 轮。您可以根据需要调整 -design_min_cycles 的值来指定所需的设计迭代轮数。