Rosetta remodel.mpi.linuxgccrelease 命令语法解析

Rosetta remodel.mpi.linuxgccrelease 命令语法解析

本篇文章解析 Rosetta 软件套件中 remodel.mpi.linuxgccrelease 命令的语法。该命令用于蛋白质结构建模，特别是针对循环肽的设计和改造。

命令示例

以下是两个使用 remodel.mpi.linuxgccrelease 命令的示例：

示例 1

mpirun /mnt/hpc/software/apps/rosetta.source.release-314/main/source/bin/remodel.mpi.linuxgccrelease -s 1.pdb -remodel:blueprint blueprint.remodel -remodel:RemodelLoopMover:cyclic_peptide -randomize_loops false -bypass_fragments -bypass_closure -remodel:use_pose_relax -remodel:dr_cycles 3 -soft_rep_design -no_optH false -ex1 -ex2 -linmem_ig 10 -num_trajectory 100 -out:file:scorefile out.sc -overwrite -save_top 100 -find_neighbors true -enzdes::cstfile CST.cst

示例 2

mpirun -np 32 /mnt/hpc/software/apps/rosetta.source.release-314/main/source/bin/remodel.mpi.linuxgccrelease -s 1.pdb -remodel:blueprint blueprint.remodel -remodel:RemodelLoopMover:cyclic_peptide -randomize_loops false -bypass_fragments -bypass_closure -remodel:use_pose_relax -remodel:dr_cycles 3 -soft_rep_design -no_optH false -ex1 -ex2 -linmem_ig 10 -num_trajectory 100 -out:file:scorefile out.sc -overwrite -save_top 100 -find_neighbors true -enzdes::cstfile CST.cst

语法解析

两个示例命令都是正确的。区别在于：

• 示例 1 没有指定进程数量，程序会根据系统默认设置调用CPU核心进行计算。* 示例 2 使用了 '-np 32' 参数，指定使用 32 个进程进行并行计算。

其他参数解析如下：

• mpirun: 用于并行计算的命令。* /mnt/hpc/software/apps/rosetta.source.release-314/main/source/bin/remodel.mpi.linuxgccrelease: remodel.mpi.linuxgccrelease 程序的路径。* -s 1.pdb: 输入的蛋白质结构文件，格式为PDB。* -remodel:blueprint blueprint.remodel: 使用 blueprint.remodel 文件定义的蓝图进行建模。* -remodel:RemodelLoopMover:cyclic_peptide: 指定要进行循环肽建模。* -randomize_loops false: 不随机化循环区域。* -bypass_fragments: 跳过片段插入步骤。* -bypass_closure: 跳过结构闭合步骤。* -remodel:use_pose_relax: 使用 pose_relax 进行结构优化。* -remodel:dr_cycles 3: 进行 3 轮设计和优化循环。* -soft_rep_design: 使用软球斥力模型进行设计。* -no_optH false: 优化氢原子位置。* -ex1 -ex2: 启用额外的评分函数。* -linmem_ig 10: 设置内存使用量。* -num_trajectory 100: 生成 100 个结构模型。* -out:file:scorefile out.sc: 将评分结果输出到 out.sc 文件中。* -overwrite: 覆盖已存在的输出文件。* -save_top 100: 保存评分最高的 100 个结构模型。* -find_neighbors true: 寻找结构相似的模型。* -enzdes::cstfile CST.cst: 使用 CST.cst 文件中定义的距离约束。

总结

remodel.mpi.linuxgccrelease 命令提供了丰富的参数选项，可以根据实际需求进行调整。建议在使用前仔细阅读官方文档，了解更多参数的含义和用法。