Rosetta Enzdes酶设计参数详解与实例

Rosetta Enzdes酶设计实例解析

本文将通过解析一个Rosetta Enzdes命令实例，详细解读每个参数的含义和作用，帮助你理解和使用Rosetta进行酶设计。

命令实例:

-s inputs/1q91_CHGW_d1_mod.pdb-extra_res_fa inputs/D2N_aX.params-enzdes -detect_design_interface -cut1 6.0 -cut2 8.0 -cut3 10.0 -cut4 12.0 -cst_opt -cst_design -cst_min -cstfile inputs/Est_CHba_d2n.cst -bb_min -chi_min -lig_packer_weight 1.8 -final_repack_without_ligand -additional_packing_ligand_rb_confs 4 #-ex_catalytic_rot 5 #-design_min_cycles 2 -include_catres_in_interface_detection-packing:soft_rep_design-out:file:o enz_score.out-nblist_autoupdate-unboundrot inputs/1q91_CHGW_d1_mod.pdb-mute core.io.database core.scoring.NeighborList-restore_talaris_behavior

参数详解:

• -s inputs/1q91_CHGW_d1_mod.pdb: 指定输入的蛋白质结构文件，这里是'1q91_CHGW_d1_mod.pdb'。* -extra_res_fa inputs/D2N_aX.params: 指定额外的氨基酸参数文件，这里是'D2N_aX.params'。* -enzdes: 启用Rosetta Enzdes酶设计模式。* -detect_design_interface: 自动检测蛋白质和配体之间的设计界面。* -cut1 6.0, -cut2 8.0, -cut3 10.0, -cut4 12.0: 定义设计界面的四个截断距离，用于筛选与配体作用的氨基酸残基。* -cst_opt, -cst_design, -cst_min: 分别启用约束优化、设计和最小化步骤，对满足约束条件的结构进行优化。* -cstfile inputs/Est_CHba_d2n.cst: 指定约束文件，这里使用'Est_CHba_d2n.cst'文件来约束蛋白质和配体之间的相互作用。* -bb_min, -chi_min: 分别进行主链和侧链的能量最小化，优化蛋白质结构。* -lig_packer_weight 1.8: 设置配体包装的权重，影响配体在结合口袋中的构象搜索。* -final_repack_without_ligand: 在最后的结构优化步骤中不包括配体，避免配体对蛋白质结构的影响。* -additional_packing_ligand_rb_confs 4: 设置额外的配体旋转构象数，增加构象搜索的范围。* #-ex_catalytic_rot 5: 注释掉的选项，可以用来指定催化残基的旋转构象数。* #-design_min_cycles 2: 注释掉的选项，可以用来指定设计和最小化循环的次数。* -include_catres_in_interface_detection: 在界面检测过程中包含催化残基，确保催化残基位于设计界面内。* -packing:soft_rep_design: 使用软排斥设计模式，允许在设计过程中出现轻微的原子碰撞，提高设计的多样性。* -out:file:o enz_score.out: 将结果输出到指定的'enz_score.out'文件中。* -nblist_autoupdate: 自动更新邻居列表，提高计算效率。* -unboundrot inputs/1q91_CHGW_d1_mod.pdb: 指定无配体结合的蛋白质结构文件，用于计算结合能。* -mute core.io.database core.scoring.NeighborList: 禁止输出数据库和邻居列表相关的信息，简化输出结果。* -restore_talaris_behavior: 使用Talaris2014能量函数的默认行为进行计算。

总结:

这个Rosetta Enzdes命令实例展示了如何使用Rosetta进行酶设计。通过设置不同的参数，可以控制设计过程中的各个方面，例如设计界面、约束条件、配体构象搜索等，最终得到具有预期功能的酶。