Rosetta 报错：'std::out_of_range' what(): map::at 如何解决？

Rosetta 报错 'std::out_of_range' what(): map::at 如何解决？

你在使用 Rosetta 进行蛋白质设计时，是否遇到过如下报错信息：

terminate called after throwing an instance of 'std::out_of_range' what(): map::at已放弃 (核心已转储)

报错分析:

这个报错信息表明 Rosetta 在运行过程中发生了内部错误，更具体地说，是在尝试访问一个 map 容器中不存在的键值时抛出了 'std::out_of_range' 异常。

可能原因:

输入文件错误: Rosetta 无法正确读取或解析输入的 PDB 文件或约束文件，例如文件格式错误、信息缺失或错误等。* Rosetta 版本问题: 你使用的 Rosetta 版本可能与你的操作系统或其他依赖项不兼容。* 参数设置错误: Rosetta 的一些参数设置可能不正确，导致程序运行出错。* Rosetta 软件本身的 bug: 尽管比较少见，但也可能是 Rosetta 软件本身存在 bug 导致的错误。

解决方法:

检查输入文件: * 确保 PDB 文件和约束文件格式正确，内容完整，且符合 Rosetta 的要求。 * 可以尝试使用其他软件或工具打开 PDB 文件，检查是否存在格式错误或信息缺失。 * 仔细检查约束文件，确保其中定义的约束条件正确无误。
检查 Rosetta 版本: * 确认你使用的 Rosetta 版本与你的操作系统兼容，并已正确安装所有依赖项。 * 可以尝试更新到最新版本的 Rosetta，或者尝试使用其他版本的 Rosetta 运行你的程序。
调整参数设置: * 尝试调整 Rosetta 的一些参数设置，例如 ScoreFunction、RotamerLibrary 等。 * 可以参考 Rosetta 官方文档或相关教程，了解不同参数的含义和使用方法，并根据你的实际需求进行调整。 * 尝试使用不同的算法或协议运行你的程序，例如尝试使用其他蛋白质设计协议或能量函数等。
寻求帮助: * 如果以上方法都无法解决问题，可以尝试在 Rosetta 官方论坛或其他相关论坛上发帖求助。 * 在发帖时，请尽量详细地描述你的问题，并提供相关的错误信息、输入文件以及你所使用的 Rosetta 版本和参数设置等信息，以便其他人更好地帮助你解决问题。

总结:

Rosetta 报错 'std::out_of_range' what(): map::at 通常是由于程序试图访问 map 容器中不存在的键值导致的，可能是由多种原因造成的。你可以尝试按照上述步骤排查问题，并根据具体情况采取相应的解决措施。如果问题仍然存在，建议寻求 Rosetta 官方或社区的帮助。