新型全长猫科动物免疫球蛋白基因序列鉴定及其分析

我们成功鉴定了新型的全长 IGHA、IGLV、IGLC 和 IGK 序列。虽然我们从两只猫中获得的 Ig 序列扩展了我们对猫 Ig 库和 Ig 基因使用的了解，但还需要使用不同的猫品种进行更广泛的研究，以确定我们收集的数据是否可以广泛应用。我们观察到来自 3 个 IGHV 亚群的表达，其中大多数（72%）序列属于 IGHV1 亚群。这些发现表明，猫的 IGHV 多样性来源于使用更多的胚系亚群基因，而犬的 IGHV 库中超过 90% 的序列来源于单个犬 IGHV 亚群 (IGHV1)，其余来自 IGHV240。

使用的 9 个 IGHV 基因位于 B3 染色体 (NC_018728.2) 和 D1 染色体 (NC_018732.2)。预计会使用 B3 上的 IGHV 基因，但使用 D1 染色体上的基因是出乎意料的，因为不应该在多于一个染色体上存在 IGHV 基因。我们推测，映射到 D1 染色体的可变基因是由于基因组序列组装错误，因为没有 Ig 重链常量区域映射到 D1 染色体，而从两个染色体派生的转录本之间的 V、D 和 J-C 基因片段的重组不太可能发生。由于串联阵列和保守序列的存在，映射免疫球蛋白基因在组装基因组时具有挑战性。牛基因组在不同染色体上有 2 个 IGH 位点。功能性的 IGH 位点位于牛染色体 BTA21 上。位于牛染色体 BTA11 上的第二个位点是截断的。因此，另一个染色体上存在第二个功能性的猫 IGH 位点似乎不太可能。完整的猫 IgM 和 IgA 重链常量区域基因位于 B3 染色体上。完整的 IGHG 常量区域也映射到 B3，尽管一些片段（≤63% 的 IGHG 常量区域长度）映射到尚未定位的基因组脚手架序列上。我们还鉴定了四个克隆序列，在猫参考基因组中没有显著的匹配结果；这些基因可能在用于生成参考基因组的个体猫中缺失；或者，猫参考基因组组装中的缺口可能解释了这些序列的缺失。