总包上报资料的规范性和完整性不合规签证、变更、认质认价资料签批程序不合规造成后续计量存在困难。

这种情况下，应该采取以下措施来解决问题：

1. 加强规范性和完整性审查：对总包上报的资料进行严格的审查，确保资料的规范性和完整性符合要求。

2. 规范签证、变更、认质认价资料的签批程序：确保签证、变更、认质认价资料的签批程序符合要求，避免程序不合规造成后续计量存在困难。

3. 加强沟通：与总包方进行充分的沟通，明确要求和标准，确保资料符合要求，避免出现不符合要求的情况。

4. 建立监管机制：建立监管机制，定期对总包方的上报资料进行检查和审查，确保资料的规范性和完整性符合要求，避免造成后续计量存在困难的情况发生。