若在制片中仅看到游离芽孢。而很少看到芽胞囊和营养细胞是分析原因。

这可能是由于以下几个原因：

1. 制备过程中处理不当：制备过程中可能存在一些操作不当，如加热过程时间过长，溶液pH值过高或过低等，导致芽胞囊和营养细胞破裂或损失，而游离芽孢则相对较稳定。

2. 菌株特性：有些菌株可能具有游离芽孢形成相对较快而芽胞囊和营养细胞形成相对较慢的特性。

3. 检测方法选择：检测方法可能不够灵敏，只能检测到游离芽孢而无法检测到芽胞囊和营养细胞。