DNA methylation changes in promoter regions We collected DNA methylation data from 450k Illumina bead arrays deposited in TCGA for both tumour and adjacent normal tissue For each gene we defined a pro

我们从TCGA中收集了450k Illumina bead arrays的DNA甲基化数据，包括肿瘤和相邻正常组织。对于每个基因，我们根据GENCODE注释（v.28）的5'-注释转录本的起始位点，定义了一个±1,000个碱基对的启动子区域。然后，我们计算每个基因所有定义启动子窗口内的CpG位点的β值的平均值，以计算每个基因的平均启动子甲基化。为了考虑批次效应，我们在每个癌症类型上使用ComBat77，并将样本的板号作为批次变量用于其潜变量模型。对于每个癌症类型c中的基因i，我们定义了其启动子处的差异性DNA甲基化（dmci）的测量，即在所有可用于c的样本Sc中，肿瘤t（βti）和匹配的正常样本t（βni）之间的甲基化信号差异的平均值。