RDKit实现SMILES字符串转换为分子对象并加氢

以下代码片段展示了如何使用RDKit库将SMILES字符串转换为分子对象，并添加氢原子：pythonfrom rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import AllChem

smi = '[O-]S(=O)(=O)ON=C(S[C@@H]1OC@@HCO)CCCCS(=O)C'm2 = Chem.MolFromSmiles(smi)m2 = Chem.AddHs(m2)

可以将m2进一步用于其他RDKit操作，例如3D结构生成、分子描述符计算等

代码解释:

1. from rdkit import Chem 和 from rdkit.Chem import AllChem: 导入RDKit库中的必要模块。2. smi = '[O-]S(=O)(=O)ON=C(S[C@@H]1O[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O)CO)CCCCS(=O)C': 定义一个SMILES字符串，表示一个分子结构。3. m2 = Chem.MolFromSmiles(smi): 使用Chem.MolFromSmiles()函数将SMILES字符串转换为RDKit分子对象。4. m2 = Chem.AddHs(m2): 使用Chem.AddHs()函数为分子对象添加氢原子。

总结:

这段代码演示了使用RDKit进行化学信息学的基本操作，可以方便地将SMILES字符串转换为分子对象并进行后续分析。