GRA_confs.sdf 文件错误解析及解决方案

in-one-file GRA_confs.sdf 文件错误解析及解决方案

该文件出现以下错误信息：

• Centering ligands at ( -0.052, 0.618, 0.174)
• Atom names contain duplications -- renaming all atoms.
• WARNING: atom 'S1' has valence > 4
• WARNING: structure contains double bonds but no aromatic bonds Aromatic bonds must be identified explicitly -- alternating single/double bonds (Kekule structure) won't cut it. This warning does not apply to you if your molecule really isn't aromatic.
• Total naive charge -6.315, desired charge -1.000, offsetting all atoms by 0.111
• WARNING: fragment 1 has 48 total atoms including H; protein residues have 7 - 24 (DNA: 33)
• WARNING: fragment 1 has 26 non-H atoms; protein residues have 4 - 14 (DNA: 22)
• WARNING: fragment 1 has 14 rotatable bonds; protein residues have 0 - 4
• Average 48.0 atoms (26.0 non-H atoms) per fragment (Proteins average 15.5 atoms (7.8 non-H atoms) per residue)
• WARNING: no root atom specified, using NBR atom instead.
• File LIG.pdb or LIG_conformers.pdb already exist -- aborting! Use --clobber to overwrite existing files.

解决方案

1. **解决重命名问题：**需要检查原始分子中是否存在重复的原子名称，并对其进行重命名，确保所有原子名称都是唯一的。

2. **解决原子价问题：**需要检查原始分子中是否存在原子价大于4的原子，并进行调整以确保分子的稳定性。

3. **解决芳香性问题：**如果分子中存在双键但没有芳香键，需要将其识别为芳香键，以确保正确的分子描述。

4. **解决电荷问题：**需要检查分子的总电荷是否与期望电荷相符，并进行调整以确保分子的稳定性。

5. **解决分子大小问题：**需要检查分子的大小是否符合要求，并进行调整以确保分子与其他分子相容。

6. **解决文件重名问题：**需要检查是否已经存在同名文件，并进行重命名或删除以确保文件名的唯一性。

**注意：**在处理这些问题时，请确保使用专业的化学软件或工具，并参考相关文献和标准。