RDKit 读取 PDB 文件指南 - Python 代码示例

RDKit是一款用于分子设计和分子模拟的化学计算工具包，可以读取和处理多种分子文件格式，包括PDB文件。要读取PDB文件，可以使用RDKit中的MolFromPDBFile函数。具体使用方法如下：

from rdkit import Chem

# 读取PDB文件
mol = Chem.MolFromPDBFile('path/to/pdb/file.pdb')

# 查看分子信息
print(mol.GetNumAtoms())  # 输出分子中原子的数量
print(Chem.MolToSmiles(mol))  # 输出分子的SMILES表示

需要注意的是，RDKit在读取PDB文件时会忽略掉一些非常规的信息，例如氢键和离子等。如果需要保留这些信息，可以使用其他的分子文件格式，例如mol2或SDF。