Condor作业提交脚本解析：以ligand_dock.linuxiccrelease为例

本篇解析一个Condor作业提交脚本，该脚本用于提交ligand_dock.linuxiccrelease程序的多个任务。

脚本内容：

Executable = /work/davis/ligand_dock.linuxiccreleaseUniverse = vanillaInitialdir = /work/davis/projects/jnk_sampl

Arguments = @FLAGS.txt -in:file:s input/jnk_pp_1_001.pdb -out:path:pdb work/jnk_pp_1_001/$(Process) -run:seed_offset $(Process) -out:suffix _$(Process)Queue 10

脚本解析：

Executable: 指定要运行的可执行文件路径，这里是'/work/davis/ligand_dock.linuxiccrelease'。* Universe: 指定要使用的作业调度器类型，这里是'vanilla'，表示使用标准的Condor调度器。* Initialdir: 指定作业运行时的初始工作目录，这里是'/work/davis/projects/jnk_sampl'。* Arguments: 指定可执行文件的运行参数。 * '@FLAGS.txt'：表示从'FLAGS.txt'文件中读取参数。 * '-in:file:s input/jnk_pp_1_001.pdb'：指定输入文件的路径为'input/jnk_pp_1_001.pdb'。 * '-out:path:pdb work/jnk_pp_1_001/$(Process)'：指定输出文件路径为'work/jnk_pp_1_001/$(Process)'，其中'$(Process)'是一个变量，代表当前作业的编号。 * '-run:seed_offset $(Process)'：指定一个随机数种子的偏移量，使用'$(Process)'确保每个作业使用不同的随机数种子。 * '-out:suffix $(Process)'：指定输出文件的后缀为'$(Process)'，方便区分不同作业的输出文件。* Queue 10: 表示将上述作业提交10次，每次使用不同的'Process'编号，即从1到10。

总结:

该Condor作业提交脚本将ligand_dock.linuxiccrelease程序提交运行10次，每次运行使用不同的输入参数、随机数种子和输出文件名，提高了计算效率和结果分析的便利性。