Cpptraj [model | multi] 多模型处理教程

在Cpptraj中，'model | multi' 用于处理多个模型（trajectory）的情况。以下是使用'model | multi' 的示例代码：

parm input.prmtop

# 读取多个模型
trajin input1.nc
trajin input2.nc
trajin input3.nc

# 使用'model | multi' 命令
model multi

# 执行后续的cpptraj命令
# 例如计算RMSD
rmsd reference.pdb out rmsd.dat :1-10

# 退出'model | multi' 模式
model single

在上面的示例中，首先使用trajin 命令读取了三个模型文件（input1.nc、input2.nc 和 input3.nc）。然后使用'model | multi' 命令进入多模型模式。在该模式下，可以执行一系列的cpptraj命令，例如计算RMSD。最后使用model single 命令退出多模型模式，回到单模型模式。

注意，'model | multi' 模式下的cpptraj命令会对所有的模型执行，输出结果会合并在一起。