MeQA和MeDUSE: 一站式甲基化测序数据分析软件

为了解决Batman和MEDIPS仅针对下游分析, 缺乏对原始测序输出文件FASTQ和比对结果的质控分析, 可能导致增加数据准备和运行其他测序或质量控制程序的时间, 并引入处理错误的问题, Huang和Wilson GA分别于2012年开发了MeQA[88]和MeDUSE[89]一站式分析软件。

MeQA和MeDUSE都包含了上游分析(A部分)和下游分析(B部分)。 其中:

• A部分: 用于通用FASTQ数据序列质量控制、BWA比对以及比对后的质控。
• B部分: 用于评估read分布和全基因组DNA覆盖情况, 并进行DMR分析。

MeQA和MeDUSE的出现, 填补了传统甲基化测序数据分析软件的空白, 为研究者提供了一种更加高效、准确的分析方法。