MeDIP-seq 数据分析：Batman 算法的局限性和 MEDIPS 包的优势

然而，由于其计算设备要求高且耗时长，该方法已逐渐被弃用[87]。随后开发的R包MEDIPS对Batman算法进行了优化，可以接受比对后的BAM或BED文件作为输入，并且不仅能计算全基因组的甲基化水平，还具备MeDIP-seq质控评估和计算差异甲基化区域（Differentially methylated region，DMR）的功能。