以下是使用R语言进行模型内部验证并绘制相关曲线的示例代码:

首先,我们需要载入需要的库和数据集:

library(boot)
library(pROC)
library(rmda)
data(iris)

接下来,我们将数据集分为建模组和验证组,并进行Bootstrap重抽样:

set.seed(123)
index <- sample(1:nrow(iris), size = nrow(iris), replace = TRUE)
train <- iris[index[1:100], ]
test <- iris[index[101:150], ]

train_boot <- boot(train, my_func, R = 1000) # my_func为自定义模型函数

然后,我们可以根据Bootstrap结果绘制ROC曲线、校准曲线、临床决策曲线和临床影响曲线:

# ROC曲线
roc_train <- roc(train$Species, train_boot$t[,1])
roc_test <- roc(test$Species, predict(my_func, newdata = test, type = "response"))

plot(roc_train, col = "blue", main = "ROC Curve")
lines(roc_test, col = "red")

# 校准曲线
cal_train <- calibrate(train_boot$t[,1], train$Species, nclass = 3)
cal_test <- calibrate(predict(my_func, newdata = test, type = "response"), test$Species, nclass = 3)

plot(cal_train, col = "blue", main = "Calibration Curve")
lines(cal_test, col = "red")

# 临床决策曲线
dec_train <- decision(train_boot$t[,1], train$Species, "virginica")
dec_test <- decision(predict(my_func, newdata = test, type = "response"), test$Species, "virginica")

plot(dec_train, col = "blue", main = "Decision Curve")
lines(dec_test, col = "red")

# 临床影响曲线
eff_train <- effect(train_boot$t[,1], train$Species)
eff_test <- effect(predict(my_func, newdata = test, type = "response"), test$Species)

plot(eff_train, col = "blue", main = "Impact Curve")
lines(eff_test, col = "red")

注意,上述代码中的my_func需要自定义为具体的模型函数。另外,为了方便起见,我们在代码中直接使用了pROC、rmda等库中提供的函数来绘制相关曲线,读者也可以根据需要自定义函数来实现相应的功能

r语言模型组样本全部数据采用Bootstrap重抽样法进行模型内部验证并绘制建模组和验证组需要ROC曲线校准曲线临床决策曲线和临床影响曲线

原文地址: https://www.cveoy.top/t/topic/fTkY 著作权归作者所有。请勿转载和采集!

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