如何在Rosetta resfiles中实现C(12,4)的残基组合限制

本文将介绍如何在Rosetta的resfiles文件中添加C(12,4)的限制，以实现从12个指定残基中随机选择4个进行组合。这对于需要对特定残基进行组合优化的酶设计等应用非常有用。

原始resfiles内容:

46 A PIKAA 169 A PIKAA 170 A PIKAA 180 A PIKAA 310 A PIKAA 321 A PIKAA 323 A PIKAA 346 A PIKAA 347 A PIKAA 416 A PIKAA 421 A PIKAA 424 A PIKAA 426 A ALLAA19 A NATRO122 A NATRO166 A NATRO309 A NATRO374 A NATRO423 A NATRO

修改步骤:

1. 复制原始resfiles内容到新的文件中。2. 在新文件中添加以下内容，表示C(12,4)的限制，即从指定的12个残基中随机选择4个:

C A PIKAA 46C A PIKAA 169C A PIKAA 170C A PIKAA 180C A PIKAA 310C A PIKAA 321C A PIKAA 323C A PIKAA 346C A PIKAA 347C A PIKAA 416C A PIKAA 421C A PIKAA 424C A PIKAA 426

修改后的resfiles内容:

... 原始内容 ...

C A PIKAA 46C A PIKAA 169C A PIKAA 170C A PIKAA 180C A PIKAA 310C A PIKAA 321C A PIKAA 323C A PIKAA 346C A PIKAA 347C A PIKAA 416C A PIKAA 421C A PIKAA 424C A PIKAA 426

保存修改后的resfiles文件，即可用于Rosetta进行酶设计。Rosetta会根据C(12,4)的限制，从指定的12个残基中随机选择4个进行组合，并对这些组合进行评估和优化。

注意: 修改后的resfiles文件需要与其他Rosetta输入文件和参数一起使用，才能正确执行酶设计任务。