Rosetta resfiles 解释：氨基酸残基类型限制与组合数

Rosetta 中的 resfiles 是一种文本文件，用于指定在蛋白质结构预测和设计过程中允许或禁止的氨基酸残基类型。resfiles 中的每一行都对应于蛋白质序列中的一个残基，并指定该残基可以采用的氨基酸类型。

例如，在给定的 resfile 中，如果某一行指定了一个残基可以采用的氨基酸类型为'A PIKAA '，则表示该残基可以是丙氨酸 (A) 或异亮氨酸 (I) 或丝氨酸 (S) 或胱氨酸 (C) 或酪氨酸 (Y) 或天冬氨酸 (D) 或谷氨酰胺 (N) 或谷氨酸 (Q)。

在这种情况下，C(8,4) 表示从 8 个残基中选择 4 个残基的组合数。