利用RNA-seq数据计算启动子活性: proActiv算法

新加坡基因组研究所的Patrick Tan教授团队开发了一种名为'proActiv'的算法 (Demircioğlu D, et al 2019)，该算法可以利用RNA-seq数据计算启动子的活性。研究团队使用来自PCAWG、TCGA和GTEx队列的18,468个样本的数据对启动子活性进行了量化，并将其与公开的H3K4me3 ChIP-seq数据以及来自不同细胞系和组织的CAGE数据进行了比较，结果显示三者之间具有较高的一致性。此后，该方法被广泛应用于其他研究中。尽管该方法可能不是计算启动子活性的最佳方式，但鉴于当前公共数据库中存在大量可供使用的RNA-seq数据，在研究条件有限的情况下，proActiv算法仍然是一种可选且可操作的计算启动子活性的方法。