Rosetta 酶设计：减少残基替换数量的策略

我在运行 rosetta 进行酶设计，输出的结构中，与模板相比，有 6 个残基进行了替换，如何减少残基替换的数量，我只想获得 2-3 个残基替代的设计内容：

要减少残基替换的数量，可以尝试以下方法：

调整设计命令中的设计周期数（-design_min_cycles）为较小的值，例如 1 或 2，这样可以减少设计的迭代次数，从而减少残基替换的数量。
调整设计命令中的能量函数权重（-ex1:level 和 -ex2:level）为较小的值，例如 2 或 3，这样可以减少设计过程中的侧链自由度，从而减少残基替换的数量。
调整设计命令中的相互作用范围（-cut3 和 -cut4）为较小的值，例如 6.0 和 8.0，这样可以限制设计过程中的残基相互作用，从而减少残基替换的数量。
调整设计命令中的残基限制文件（-resfile）中的设计位点，只选择 2-3 个需要替代的残基进行设计。

通过调整这些参数和策略，您可以尝试减少残基替换的数量，以获得更精确的设计结果。请注意，这些调整可能会对设计结果的质量和多样性产生影响，因此需要进行适当的验证和评估。

我的设计命令和 Resfile

NATAA
AUTO
start
169 A PIKAA <IQN>
180 A PIKAA <YH>
310 A PIKAA <ST>
321 A PIKAA <ND>
323 A PIKAA <NEDS>
347 A PIKAA <IV>
421 A PIKAA <NT>
426 A PIKAA <YSGT>
19 A NATRO
122 A NATRO
166 A NATRO
309 A NATRO
374 A NATRO
423 A NATRO

-s /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_5/complex.pdb
-extra_res_fa /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_5/LIG.params
-resfile /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_5/design_resfile.flags
-ignore_unrecognized_res
-enzdes
 -detect_design_interface
 -cut1 0.0
 -cut2 0.0
 -cut3 8.0
 -cut4 10.0
 -cst_opt
 -cst_predock
 -cst_design
 -cst_min
 -chi_min
 -bb_min
 -cstfile /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_5/LIG.cst
 -final_repack_without_ligand
 -include_catres_in_interface_detection
 -design_min_cycles 3
-packing
 -linmem_ig 10 
 -use_input_sc
 -soft_rep_design
 -ex1:level 4 
 -ex2:level 4 
 -ex1aro:level 4 
 -ex2aro:level 4  
-out:file:o enz_score.out
-nstruct 10000
-nblist_autoupdate
-unboundrot /mnt/hpc/home/zhengpu/srb/enzdes_5/complex.pdb
-mute core.io.database core.scoring.NeighborList
-restore_talaris_behavior