Rosetta 蛋白质-配体对接与设计命令行指令

这是一个使用 Rosetta 软件进行蛋白质-配体对接和设计的命令行指令。

命令行指令的语法为： ~/rosetta/bin/rosetta_scripts.linuxiccrelease –database <rosetta_database_path> -nstruct 10 –jd2:ntrials 1 –s <input.pdb> -parser:protocol <make_mutation.xml> –extra_res_fa <ligand.params> @make_mutation.flags

其中：

• <rosetta_database_path> 是 Rosetta 数据库的路径。
• <input.pdb> 是输入的蛋白质结构文件。
• <make_mutation.xml> 是一个 XML 格式的文件，包含了蛋白质-配体对接和设计的具体操作步骤。
• <ligand.params> 是配体的参数文件。
• @make_mutation.flags 是一个文本文件，包含了一些额外的命令行参数。

make_mutation.flags 文件中的参数解释如下：

• -run::preserve_header 保留输入结构文件的头部信息。
• -enzdes::minimize_ligand_torsions 5.0 对配体进行扭转最小化，最大扭转角度为 5.0 度。
• -enzdes::detect_design_interface 检测蛋白质-配体的设计界面。
• -enzdes::bb_min_allowed_dev 0.05 允许蛋白质主链原子的最小重叠程度为 0.05 埃。
• -score:weights ~/rosetta_database/scoring/weights/enzdes.wts 使用指定的打分权重文件。
• -packing::use_input_sc 使用输入结构文件中的侧链构象。
• -packing::extrachi_cutoff 1 允许一个残基具有额外的侧链构象。
• -packing::ex1 进行第一层侧链构象采样。
• -packing::ex2 进行第二层侧链构象采样。
• -linmem_ig 10 设置线性内存增长因子为 10。
• -ignore_unrecognized_res 忽略无法识别的残基。
• -no_optH false 不进行氢原子优化。
• –correct 对氢键参数进行校正。
• -no_his_his_pairE 不计算组成组间氢键的组间能。
• -score::hbond_params correct_params 使用校正后的氢键参数。
• -nblist_autoupdate 自动更新非键列表。
• -lj_hbond_hdis 1.75 Lennard-Jones 势能和氢键之间的最大距离为 1.75 埃。
• -lj_hbond_OH_donor_dis 2.6 氢键供体氧原子和受体氢原子之间的最大距离为 2.6 埃。

make_mutation.xml 文件是一个 XML 格式的文件，定义了蛋白质-配体对接和设计的具体操作步骤。

• <dock_design> 是根节点。
• <SCOREFXNS> 定义了打分函数。
• <myscore weights=enzdes.wts/> 定义了一个名为 myscore 的打分函数，使用了 enzdes.wts 文件中的权重。
• <TASKOPERATIONS> 定义了任务操作。
• <DetectProteinLigandInterface name=edto cut1=6.0 cut2=8.0 cut3=10.0 cut4=12.0 design=0/> 定义了一个名为 edto 的任务操作，用于检测蛋白质-配体界面，设置了不进行设计。
• <MOVERS> 定义了移动操作。
• <EnzRepackMinimize name=rpkmin repack_only=1 design=0 scorefxn_minimize=myscore scorefxn_repack=soft_rep minimize_rb=1 minimize_lig=1 minimize_sc=1 minimize_bb=1 cycles=1 task_operations=edto/> 定义了一个名为 rpkmin 的移动操作，进行酶重组和最小化，设置了不进行设计，使用了 myscore 打分函数，进行酶重组和最小化的周期为 1，使用了 edto 任务操作。
• <MutateResidue name=mutate target=1A new_res=MET/> 定义了一个名为 mutate 的移动操作，将残基 1A 突变为 MET。
• <PROTOCOLS> 定义了操作协议。
• <Add mover_name=mutate/> 将 mutate 移动操作添加到协议中。
• <Add mover_name=rpkmin/> 将 rpkmin 移动操作添加到协议中。

以上是对这个命令行指令和 XML 文件的简要解析，具体的操作步骤和参数设置可以根据实际需要进行调整。