Rosetta 结构预测脚本参数详解

-use_input_sc: 使用输入结构的侧链构象。

-extrachi_cutoff 5: 在构象采样中，允许额外的氨基酸侧链构象的数量。

-ignore_unrecognized_res: 忽略无法识别的氨基酸残基。

-chemical:exclude_patches: 排除特定的氨基酸修饰，如 'DNA 修饰'、'C 末端酰胺化'、'特殊构象' 等。

-linmem_ig 10: 设置线性记忆的长度为 10。

-ignore_zero_occupancy false: 不忽略占位数为零的残基。

-s # path to structure file: 指定蛋白质结构文件的路径。

-parser:protocol mutate.xml: 使用名为 'mutate.xml' 的解析器协议。

-parser:script_vars res_to_fix= # comma separated list of positions: 指定需要修复的残基位置的逗号分隔列表。

-parser:script_vars cst_full_path= # path to Rosetta CST file of CA atoms: 指定包含 CA 原子的 Rosetta CST 文件的路径。

-parser:script_vars all_ress= # comma separated list of all library positions: 指定所有库位点的逗号分隔列表。

这些参数用于配置 Rosetta 脚本以进行蛋白质结构预测和修复。