如何从 KEGG 富集分析结果中提取通路信息

如何从 KEGG 富集分析结果中提取通路信息

这段 R 代码演示了如何从 KEGG 富集分析结果 keggres 中提取通路统计信息，并获取前 10 条通路的 ID：

keggrespathways = data.frame(id=rownames(keggres$stats), keggres$stats) %>%
  tbl_df() %>%
  filter(row_number()<=10) %>%
  .$id %>%
  as.character()
keggrespathways

代码解释：

1. keggrespathways = data.frame(id=rownames(keggres$stats), keggres$stats): 将 keggres$stats 的行名作为 'id' 列，将 keggres$stats 的内容作为新的数据框，并赋值给 keggrespathways。
2. %>% tbl_df(): 使用 dplyr 包将数据框转换为 tbl_df 对象，方便后续操作。
3. %>% filter(row_number()<=10): 筛选数据框的前 10 行。
4. %>% .$id: 提取 'id' 列的值。
5. %>% as.character(): 将提取的 'id' 列的值转换为字符向量。
6. keggrespathways: 显示最终结果，即包含 keggres 数据框中前 10 个通路 ID 的字符向量。

总结:

keggrespathways 是一个包含 keggres 数据框中前 10 个通路 ID 的字符向量。这段代码可以帮助你快速地从 KEGG 富集分析结果中提取关键信息。