基于RNA-seq和CAGE数据验证启动子活性计算的可靠性

为了验证基于RNA-seq数据计算启动子活性的可靠性，本研究参考专家意见，使用了FANTOM数据库中HepG2细胞的CAGE数据进行分析。

CAGE数据分析结果

分析结果显示，在高启动子活性组中，几乎所有启动子都可以检测到CAGE信号。相反，在无活性启动子组中，只有极少数启动子可以检测到CAGE信号。这表明，根据RNA-seq数据计算启动子活性的结果与CAGE数据具有高度的一致性，验证了该方法的可靠性。

proActiv分析与RT-qPCR验证

此外，本研究还使用'proActiv'软件分析了经典选择性启动子RASSF1的启动子活性，成功检测到不同启动子活性状态的变化。

为了进一步验证启动子活性计算结果的准确性，我们还选取了ARAP1基因，并通过RT-qPCR实验验证了其启动子活性与转录表达丰度之间的一致性。

结论

本研究结果从CAGE数据分析、'proActiv'分析以及RT-qPCR实验验证三个层面，充分证明了基于RNA-seq数据计算启动子活性的可靠性。这一结果为后续研究中利用RNA-seq数据进行启动子活性分析提供了有力支持。