HepG2细胞与正常肝组织ARAP1基因启动子活性比较研究

本研究利用FAMTOM数据获取了3例正常肝组织和3例HepG2细胞的CAGE数据。根据之前Tan团队的研究[102]，我们将HepG2中启动子活性低于0.25的定义为无活性启动子，0.25-1.5之间的定义为低启动子活性组，高于1.5的定义为高启动子活性组。通过对比HepG2不同组的启动子活性的CAGE信号，结果显示高启动子活性组几乎都能检测到CAGE信号，而无活性启动子组只有极少数能检测到CAGE信号，这表明启动子活性计算是相对可靠的（图3-36 A）。另外，通过对比正常肝组织和HepG2细胞的ARAP1信号，我们发现在HepG2细胞中只能检测到启动子'prmtr.61501'的转录信号，而在正常肝细胞组中只能检测到'prmtr.61499'的转录信号（图3-36 B）。