这些命令的意义如下:

  • 'amber crdout':将模拟过程中的坐标信息输出到 AMBER 格式的坐标文件中。
  • 'MyAvg':计算一组数据的平均值。
  • 'mypdb.pdb':输入的 PDB 文件名。
  • 'adpdata':ADP(原子位移参数)数据的输入文件名。
  • 'MyFluct[ADP]':计算 ADP 的波动性。
  • 'bfacdata':输出的 BFAC(温度因子)数据文件名。
  • 'MyFluct':计算一组数据的波动性。
AMBER 命令解析:crdout, MyAvg, MyFluct[ADP] 等

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